Mae cynefinoedd merddwr yn cynnal amrywiaeth fawr o fflora a ffawna dyfrol a gwlyptir. Dyfroedd oligotroffig (prin eu maethynnau) yw’r rhan fwyaf o lawer o’r cyrff dŵr yn RhCT. Mae’r cyrff dŵr hyn, sydd yn aml yn rhai asidig, yn cwmpasu llawer math o gynefinoedd, yn cynnwys: gweithiau mwyn bach llawn dŵr, pyllau mawnog yr ucheldir, llynnoedd ar ôl adfer tir a chronfeydd dŵr yr ucheldir (fel Llyn Fawr ger Hirwaun a Lluest Wen yn Rhondda Fach). Cynhyrchiant isel a geir yng nghyrff dŵr yr ucheldir gan mwyaf, gyda fflora naturiol arbenigol a all gynnwys rhywogaethau nodweddiadol fel gwair merllyn (a geir yn Llyn Fawr a Llyn Fach yn unig ym Morgannwg), myrdd-ddail blodau bob yn ail, dyfrllys y gors ac eurinllys y gors. Mae gweision y neidr a mursenod yr ucheldir yn ffynnu mewn pyllau a llynnoedd asidig. Mae’r fursen dinlas fach, y wäell ddu, y gwas neidr glas a’r picellwr cribog yn rhywogaethau nodweddiadol ym mhyllau’r ucheldir, ynghyd â chwilod dŵr yr ucheldir. Yn RhCT, mae cyrff dŵr oligotroffig yn cynnal poblogaethau pwysig o amffibiaid. Mae’r fadfall ddŵr balfog a’r llyffant melyn yn gyffredin iawn (yn aml mewn sefyllfaoedd agored iawn yn yr ucheldir) a cheir cytrefi madfallod dŵr cribog am y ffin ag ardal cyngor Merthyr Tudful mewn pyllau yn ardaloedd yr hen lofeydd ac mewn nifer o byllau yn neau’r Fwrdeistref Sirol.  Rydym yn gwybod bellach fod llygod y dŵr yn defnyddio pyllau’r ucheldir. 

  

Mewn cyferbyniad â hyn, mae cyrff dŵr cyfoethog eu maethynnau (mesotroffig ac ewtroffig) yn llai cyffredin ac fe’u ceir yn ardaloedd yr iseldir yn unig. Mae cyrff dŵr mwy cynhyrchiol o’r fath yn gallu cynnal ymylon trwchus o lystyfiant corsiog a fflora dyfrol mwy amrywiol. Mae dyfrllys camleswellt, dyfrllys crych a ffugalaw Canada yn rhywogaethau dŵr pwysig. Ymhlith y cymunedau amrywiol o infertebratau dyfrol y mae cymunedau o fursenod a gweision neidr ac adar nythu fel y gwtiar, yr iâr ddŵr a’r wyach fach. Ceir cytrefi o’r fadfall ddŵr gyffredin a’r llyffant dafadennog ynghyd â’r llyffant melyn hollbresennol, ac mae ambell gytref o fadfallod dŵr cribog ar draws iseldiroedd deheuol y Fwrdeistref Sirol. 

  

Lle mae llynnoedd a phyllau wedi’u creu ar hyd llinell cwrs dŵr, fel a ddigwyddodd yn aml mewn cynlluniau adfer tir, ceir proses barhaus o siltio mewn llawer ohonynt. Mae hon yn broses hollol naturiol sy’n adlewyrchu’r ffaith bod pyllau o’r fath wedi’u cynllunio mewn ffordd anghynaliadwy. Y broblem yw bod nentydd, wrth gyrraedd merddwr, yn gollwng y gwaddod y maent yn ei gario. Mae hyn yn ddiddorol iawn o safbwynt geomorffolegol, ond mae’r siltio mewn pyllau a llynnoedd ym Mharc Gwledig Cwm Dâr, Parc Gwledig Cwm Clydach, Pwll Shoni ac mewn mannau eraill yn golygu bod dŵr agored yn cael ei golli. Ceir llawer o drafod ar hyn o bryd ynghylch ffyrdd i ddelio â phryderon o’r fath mewn ffordd gynaliadwy, ac mae hon yn enghraifft o sefyllfa lle y byddai gadael i brosesau naturiol ddilyn eu cwrs, ar sail ecolegol, yn gallu bod yn groes i ddyheadau’r gymuned leol.  

 

Am eu bod yn nodweddion bach, mae pyllau naturiol yn agored iawn i effeithiau anffafriol. Buan iawn y byddant yn mynd o’r golwg dan lystyfiant os na cheir pori gan dda byw neu gamau rheoli ymarferol i’w gwarchod drwy dynnu llystyfiant newydd o bryd i’w gilydd ac felly cadw’r dŵr yn agored. Un duedd gyffredin yn ysgolion y Cyngor yw cael gwared â phyllau dŵr am resymau iechyd a diogelwch, a’r pyllau hynny wedi’u creu’n wreiddiol am resymau addysgol. Bid a fo am y ddadl o blaid gwneud hyn, mae’n debygol bod pyllau bridio’r llyffant melyn wedi’u colli, ac mae’n codi ystyriaethau ynghylch sut y gall plant ymwneud â byd natur mewn ffordd ddiogel. Mae pyllau dŵr mewn gerddi yn gyffredin ac mae’n sicr eu bod yn cynnal nifer mawr o boblogaethau bridio o amffibiaid cyffredin ac infertebratau dyfrol a’u bod yn ffynhonnell ddŵr i adar yr ardd ac yn cynnwys mwd i wneud nythod, yn ogystal â rhoi oriau o fwynhad i berchnogion y pyllau. 

 

Yng ngolwg y sylw cynyddol i ddulliau draenio cynaliadwy ar gyfer datblygiadau cynllunio a chynlluniau adfer, gwelir bod posibilrwydd o gynnwys rhai cynefinoedd merddwr mewn rhaglenni o’r fath. Fodd bynnag, os gwneir hyn mewn ardaloedd o laswelltir corsiog dwrlawn neu gorsydd, gellir colli cynefinoedd sylweddol hefyd wrth greu pyllau dŵr. Yn anffodus, fel a welir mewn lluniau a dynnwyd o’r awyr, mae pyllau wedi’u cloddio mewn llawer man a oedd gynt yn gynefinoedd gwlyptir pwysig. Mae angen cael dealltwriaeth clir a phriodol o werth safleoedd o ran ecoleg a chynefinoedd cyn ystyried cloddio pyllau. Mae’n bwysig na fydd cynigion i greu pyllau yn gwneud mwy o ddrwg nag o les.   

​ 

Yn 2000 cynhaliwyd arolwg o’r llystyfiant mewn 50 o byllau a llynnoedd yn RhCT ac roedd hwn yn dangos bod amrywiaeth fawr o gynefinoedd merddwr.  Gall pyllau dŵr fod yn gynefin sy’n addas iawn ar gyfer gweithgareddau gwyddoniaeth dinasyddion.  

 

Er bod camlesi wedi cael eu hadeiladu a’u datblygu i fod yn un o brif dramwyfeydd masnachol y Chwyldro Diwydiannol, maent yn gynefinoedd gwerthfawr ar gyfer bioamrywiaeth. Yn Rhondda Cynon Taf, roedd Camlas Morgannwg yn rhedeg ar hyd afon Taf ben bwy gilydd, ac roedd Camlas Aberdâr yn dilyn afon Cynon. Mae’r ddwy gamlas hyn wedi’u gadael ers blynyddoedd lawer. Mae’r mwyafrif o rannau’r camlesi wedi’u colli’n llwyr a dim ond eu gweddillion sydd ar ôl. Ceir dŵr yn rhai o’r rhannau hyn ac, er eu bod dan lystyfiant, maent yn cynnal cymunedau dŵr croyw. Am resymau’n ymwneud ag anghenion cynnal a chadw, mae dyfodol hirdymor yr holl gynefinoedd camlas sy’n weddill yn ansicr iawn. Mae angen eu rheoli’n barhaus ac mae’r cyfyngiadau presennol o ran cyllidebau a’r gweithlu yn bygwth hyfywedd y safleoedd hyn yn y tymor hir.